1306 und 1321 vertreiben die französischen Könige alle Juden aus ihrem Reich. Viele von ihnen finden Schutz in den Städten des westlichen Reichsgebiets, z. B. unter der Herrschaft des Trierer Erzbischofs Balduin von Luxemburg.
In mehreren Städten, so in Worms und Speyer, erhalten Juden seit dieser Zeit das Bürgerrecht. Die Stadt Koblenz nimmt 1307 die gesamte jüdische Gemeinde in die Mitbürgerschaft (concivilitas) der Stadt auf.
Die Pest wütet in Europa. Juden werden bezichtigt, die Krankheit durch Vergiftung der Brunnen verursacht zu haben. Bei Pogromen und Massenhinrichtungen werden Juden im gesamten Reich ermordet. Inschriften auf Grabsteinen zeugen bis heute davon.
Bald nach den Verfolgungen kehren Überlebende in die Städte zurück. Zu den ersten Gemeinden, die in dieser Zeit wiederaufleben, zählen Koblenz, Wittlich und Speyer. Hinsichtlich ihrer Rechte und ihres Gemeindebesitzes sehen sich die Gemeinden allerdings mit neuen Bedingungen und zahlreichen Einschränkungen konfrontiert.
Zwischen 1390 und der Mitte des 16. Jahrhunderts weisen vielerorts die Landesherren Juden aus. In Rheinland-Pfalz sind davon zuerst die Orte unter der Herrschaft der Pfalzgrafen bei Rhein 1390 und der Trierer Erzbischöfe 1419 betroffen. Nach den Vertreibungen werden zahlreiche Grabsteine von jüdischen Friedhöfen entwendet und verbaut, wie dieser Stein aus Trier.
Der Mainzer Erzbischof weist 1471 die jüdische Bevölkerung aus dem Erzstift Mainz aus, wie zuvor schon in den Jahren 1438 und 1470. In Speyer geschieht dies vor 1490.
Auch nach den Vertreibungen gelingt es einigen Juden, Schutzbriefe für sich und ihre Familien mit den Landesherren auszuhandeln. Unter ihnen sind viele jüdische Ärzte. Trotz kirchlicher Warnungen genießen diese teils hohes Ansehen in der christlichen Gesellschaft. So erteilt Graf Philipp von Virneburg mit dieser Urkunde dem jüdischen Arzt Koppelmann einen Aufnahmebrief für die Herrschaft Pellenz aufgrund „sinre kunst der Medicyn unnd geschicklichkeit der Artzney “.
In Frankfurt a. M. und Worms bleiben die jüdischen Gemeinden bestehen. In Worms scheitert ein letzter Vertreibungsversuch des städtischen Rats 1563 am Widerstand des Kaisers. Danach wird die städtische Judenordnung erneuert. Sie markiert das Ende dieser Vertreibungsbemühungen und regelt die Rechte und Pflichten der jüdischen Gemeinschaft in der Stadt.
Auch in anderen Städten (Mainz, Speyer, Trier, Koblenz) werden neue Gemeinden offiziell zugelassen. Detaillierte Verwaltungsvorschriften („Policey ordnungen“) regeln den Aufenthalt von Juden.
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